系統樹の株名をエクセル上で操作する – OIPH-PhyNE –

掲載日：2021年12月14日

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医学・生物学の分野では、アミノ酸と塩基の置換速度が近似的に一定であることに基づき、ゲノム配列などの分子データを用いた系統樹解析が行われます。系統樹を描くためのソフトウェアはいくつか知られていますが、よく用いられているものの一つにMEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) があります。MEGAに限らず、系統樹のもととなるデータをソフトウェアに入力するにあたっては、いくつか制限があります。例えば、株名 (サンプル名) には半角アルファベットといくつかの記号しか使用できません。また、MEGAではアンダーバーがスペースに置き換えられてしまうようです。この株名に、入力データでは使用できない日本語や記号などを挿入したい場合は、系統樹として出力後に株名を編集する必要があります。その際、フォント（色や太字の設定等）も一緒に変更可能です。これらの編集作業は細々とした地道なものとなりますが、一通り編集作業を実施したのちに系統樹作成に使用する元データや設定（配列の領域、サンプル数、アラインメント法、置換モデル等）が変更になると、系統樹を描き直して編集作業も一からやり直さなければならないため、大きな時間と労力（とやる気）を繰り返し費やすことになってしまいます。なんとか最小限の時間と手間で同様の編集作業を終わらせたい、さらに株名編集の幅を広げられたらなお良い、と考えて作ったのがOIPH-PhyNE (オーアイピーエイチファイン) です^注1。OIPH-PhyNEでは株名の文字列、背景色、フォント (色、太字、斜体) を容易に編集することが可能です（図1）。

注1：OIPH は「Osaka Institute of Public Health (大阪健康安全基盤研究所)」の略称、PhyNE は「Phylogram Name Editor」の略語。

使用に際して

OIPH-PhyNEは、マクロを搭載したエクセルファイルです（拡張子.xlsm）。ファイルを開いた際には、まずマクロを有効にしてください。どなたでもご自由にお使いいただけますが、すべて自己責任でご使用ください。万一データ破損等の損害が発生しても責任は負いかねます。Windows10ならびにMicrosoft Office 2016の環境にて動作することは確認済みです。それ以外のOSならびにMicrosoft Officeのバージョンを用いた詳細な検証は行っておりませんが、一部のMac OSでもOIPH-PhyNEが動作したという声は戴いております。また、MEGA以外では、NJplotで出力された系統樹もOIPH-PhyNEで編集できることが確認できています。

MEGAについて

MEGAはフリーソフトで、MEGAのサイトからダウンロードできます。本稿では、Older Versions (Previous Versions of MEGA) のページから7.0 (GUI for Windows) を入手して使用しています。MEGAで出力される系統樹は、Microsoft OfficeのPowerPointなどに貼り付けてグループ解除を行うと文字列やフォントなどが編集できるようになりますが、より新しいMEGAのバージョン (MEGA-X以降) で描いた系統樹をそのように編集すると、分岐点 (節またはノードとも呼びます) に隙間が生じてしまうようでした（図2）。その隙間が系統樹としての信頼性になんら影響することはありませんが、「見栄え」という点で少々気になるため、ここではMEGA7を使用します。